Έχουν διατυπωθεί πολλές μυθολογικές ερμηνείες και εικασίες για την προέλευση του ονόματος της Φλώρινας. Μια μυθολογική εξήγηση ανάγει την ονομασία της πόλης στον μυθικό Διόσκουρο Κάστορα και τον σύμμαχό του Φλώρη. Ο βυζαντινός ιστοριογράφος Καντακουζηνός αναφέρεται στο βυζαντινό κάστρο Φλερηνόν ή Χλερηνόν, ο Γραμματέας της Ενετικής Δημοκρατίας G. Cavazza  το 1591 , προερχόμενος από την Αχρίδα περνάει από το Fluribelli, ενώ η τουρκική παρετυμολογία του ονόματος της πόλης η οποία διασώζεται από τους αλβανούς επιδρομείς του 17^ου και του 18^ου αιώνα παραπέμπει στην εκδοχή Φιλούρινα, προερχόμενη από το φιλούρι που σημαίνει φλουρί. Το 1750 εμφανίζεται σε εκκλησιαστικά έγγραφα η ονομασία Χλερηνός ή Φιλορίνα.